Thống nhất Nhà Tây Sơn

Sau khi Nguyễn Hữu Chỉnh và Vũ Văn Nhậm mất và với diễn biến chiến trường Nam Bộ, vua Thái Đức (Nguyễn Nhạc) đã tỏ ra buông xuôi. Không thể kìm chế người em tài ba hơn mình, Nguyễn Nhạc quyết định nhường ngôi cho Nguyễn Huệ để dẹp bỏ mâu thuẫn giữa 2 anh em. Cuối năm 1788, ông từ bỏ đế hiệu và niên hiệu Thái Đức, chỉ xưng là "Tây Sơn Vương". Ông viết thư cho Nguyễn Huệ, chỉ xin giữ Quy Nhơn và nhường toàn bộ binh quyền, đất đai trong cả nước cho vua em; đồng thời ông cầu khẩn Nguyễn Huệ mang gấp đại binh vào cứu Nam bộ (chiếu lên ngôi của Quang Trung nói rõ vấn đề này)[74].

Sau khi chiến thắng quân Thanh, Quang Trung trở thành lãnh đạo chung của Nhà Tây Sơn và là vị Hoàng đế duy nhất tại Việt Nam (vua Lê Chiêu Thống đã chạy sang Trung Quốc, còn Nguyễn Ánh khi đó cai quản lãnh thổ còn nhỏ hẹp và chưa xưng đế). Tình hình với Quang Trung rất thuận lợi: ông có được uy tín lớn sau chiến công chống quân Thanh, được Nhà Thanh công nhận là vị vua chính thống của Việt Nam (thay thế địa vị của Nhà Hậu Lê), lại dẹp bỏ được mâu thuẫn trong nội bộ Nhà Tây Sơn (Nguyễn Nhạc đã bỏ đế hiệu, tự giáng xuống làm Vương để tỏ ý quy nhận quyền lãnh đạo của ông).

Trên cơ sở đó, Quang Trung đã lên kế hoạch cho một chiến dịch Nam tiến rất lớn nhằm triệt để đánh bại thế lực của Nguyễn Ánh, thu phục miền Nam bộ và thống nhất đất nước.

Kế hoạch Nam tiến dở dang

Ngày 25 tháng 1 năm 1787, Bá Đa Lộc (giáo sĩ người Pháp làm cố vấn cho Nguyễn Ánh) đã thay mặt Nguyễn Ánh ký Hiệp ước Versailles (1787) với Pháp. Theo đó, vua Pháp đồng ý cử sang 4 chiếc tàu chiến và một đạo binh: 1.200 lục quân, 200 pháo binh, 250 lính da đen ở Phi Châu (Cafres) và đủ các thứ súng ống thuốc đạn để đánh Tây Sơn. Ngược lại, sau khi chiến thắng, Nguyễn Ánh nhường cho nước Pháp cửa Hội An (Faifo) và đảo Côn Lôn (Poulo-Condore), chủ quyền các vùng đất đó sẽ thuộc về nước Pháp ngay lúc quân đội Pháp chiếm đóng hòn đảo nói trên. Đúng lúc đó thì nước Pháp xảy ra Cách mạng, vua Pháp không thực hiện Hiệp ước nhưng Bá đa lộc đã kêu gọi các thương nhân người Pháp trợ giúp cho Nguyễn Ánh.[74][117].

Các hoạt động quyên góp tiền sau này hay xây dựng, sửa sang thành Gia Định, Vĩnh Long, Châu Đốc, Hà Tiên, Biên Hòa, Bà Rịa, huấn luyện cơ đội pháo thủ, tổ chức bộ binh và rèn luyện tập binh lính theo lối châu Âu, trung gia mua tàu chiến và vũ khí... đều có sự góp sức của những người Pháp mà do Bá Đa Lộc chiêu mộ, kêu gọi.[117] Việc củng cố Gia Định cộng thêm sự giúp đỡ của người Pháp đã giúp cho thế lực của Nguyễn Ánh ngày càng mạnh, có thể đối đầu với Tây Sơn. Quân Nguyễn Ánh được người Pháp hỗ trợ kéo ra đánh Bình Thuận, Bình Khang, Diên Khánh, quân của Tây Sơn Vương Nguyễn Nhạc liên tiếp bại trận và mất mấy thành này. Cho tới năm 1791, Nguyễn Nhạc chỉ còn cai quản Quy Nhơn, Phú Yên và Quảng Ngãi.

Sau khi ổn định tình hình Bắc Hà, Quang Trung quyết tâm tiêu diệt Nguyễn Ánh. Ông ra sức trấn an Nguyễn Nhạc và nhân dân trong vùng do Nguyễn Nhạc cai quản để chuẩn bị Nam tiến. Theo nhiều nhà nghiên cứu, việc Quang Trung sai Vũ Văn Dũng đi "xin" Càn Long đất Quảng Đông, Quảng Tây thực ra chỉ là một thủ thuật về chính trị. Quang Trung không có dụng tâm lấy đất Trung Quốc vì ông biết thực lực không thể, hay ít ra là chưa thể làm lúc đó. Hơn nữa, ông thu dụng quân lục lâm "Tàu ô", sai đánh phá biên giới Trung Quốc cốt để Nhà Thanh bị cuốn vào hoạt động ngoại giao và chống giặc cướp để cho ông có thời gian hỗ trợ vua anh dồn lực lượng vào chiến trường miền Nam mà thôi.[118]Để chuẩn bị phối hợp với Quang Trung, năm 1792, Nguyễn Nhạc đóng nhiều tàu thuyền đóng ở cửa Thi Nại để Nam tiến. Nhưng lúc đó là mùa gió nồm chỉ thuận cho quân Nam ra, phải đợi đến mùa đông mới thuận gió cho quân Tây Sơn vào. Nguyễn Ánh thừa dịp cùng quân Pháp, Bồ Đào Nha đánh úp cửa Thi Nại, đốt cháy nhiều thuyền chiến của Tây Sơn. Tây Sơn Vương không phòng bị, lại phải thu quân về Quy Nhơn.

Để báo thù trận đó, Quang Trung dự định phát động chiến dịch rất lớn, huy động hơn 20[119]-30 vạn[120] quân thuỷ bộ, chia làm ba đường:

• Nguyễn Nhạc và quân "Tàu ô" (hải tặc Trung Hoa) cùng theo đường bộ từ Phú Yên vào đánh Gia Định
• Quân bộ của Quang Trung từ Phú Xuân đi thẳng qua lãnh thổ Vạn Tượng tới Nam Vang (Chân Lạp), từ đó cùng quân Chân Lạp kéo về Gia Định, bao bọc đường chạy của Nguyễn Ánh không cho sang Xiêm
• Quân thuỷ của Quang Trung sẽ tiến vào đón lõng tận Hà Tiên đổ bộ lên đất liền để ngăn Nguyễn Ánh chạy ra biển.

Chính các giáo sĩ Pháp giúp Nguyễn Ánh lúc đó cũng rất lo lắng và dự liệu Nguyễn Ánh khó lòng chống lại được Tây Sơn trận này. Trong thư gửi cho M. Létondal ngày 14/9/1791, giám mục Bá Đa Lộc viết: “… Nhà vua đã không biết lợi dụng cơ hội mà ông ta có được để đánh bại kẻ thù, mà lại để chúng có thì giờ hoàn hồn và chúng thấy rõ tất cả những đồn đại về việc người Âu đến giúp chỉ là chuyện hão. Ông ta (Nguyễn Ánh) bắt dân đóng thuế và làm dịch vụ nặng nề, và lúc này, dân chúng bị nạn đói đe dọa nên họ có vẻ mong quân Tây Sơn đến. Trong tình trạng hiện thời, nếu chúng quả quyết đến tấn công, thì nhà vua khó có thể đương đầu lại đầu được... Tôi rất sợ không đi kịp trước khi tai họa xảy ra cho nhà vua, nếu có sự ấy". Tuy nhiên trong khi chờ gió đổi chiều thì cái chết đột ngột vì lo lắng cho cuộc viễn chinh[121] của Quang Trung vào tháng 9 dương lịch năm 1792 khiến kế hoạch Nam tiến này không bao giờ trở thành hiện thực.